Hari ini, terdapat 21 institusi pendidikan tinggi di Kaliningrad (bersama-sama dengan cawangan universiti di bandar lain), di mana milik kerajaan adalah:

Cawangan Kaliningrad dari Universiti St. Petersburg Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri Rusia, sebelum ini Institut Undang-undang Kaliningrad Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri Rusia (KYUI), lebih awal lagi - Sekolah Tinggi Kaliningrad Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri. Persekutuan Rusia, yang dibentuk berdasarkan Sekolah Menengah Khas Polis Kaliningrad Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri USSR.

Universiti Persekutuan Baltik Immanuel Kant. Sehingga 2011 - Universiti Negeri Rusia. I. Kant. Nama Kant diberikan pada malam ulang tahun ke-750 bandar itu pada tahun 2005. Sebelum ini – Universiti Negeri Kaliningrad (KSU). Menduduki bangunan bekas Universiti Jerman Königsberg.

Akademi Armada Perikanan Negeri Baltik (BFFSA). Sehingga 1991 - Sekolah Kejuruteraan Marin Tinggi Kaliningrad (KVIMU).

Universiti Teknikal Negeri Kaliningrad (KSTU). Sebelum ini – Institut Teknikal Industri Perikanan dan Ekonomi Kaliningrad (KTIRPiH).

Institut Sempadan Kaliningrad Perkhidmatan Keselamatan Persekutuan Persekutuan Rusia. Sebelum ini – Sekolah Kejuruteraan Tinggi Kaliningrad Pasukan Kejuruteraan dinamakan sempena A.A.Zhdanov (KVIUIV).

Institut Tentera Laut Baltik FF Ushakov, kini cawangan pusat pendidikan dan saintifik tentera Tentera Laut Rusia "Akademi Tentera Laut dinamakan sempena Laksamana Armada Kesatuan Soviet N. G. Kuznetsov." Sebelum ini - Sekolah Tentera Laut Tinggi Kaliningrad (KVVMU).

Juga di Kaliningrad terdapat cawangan Akademi Pentadbiran Awam dan Ekonomi Negara Utara-Barat, dari institusi pendidikan menengah - tiga gimnasium, enam lyceum dan empat puluh tujuh sekolah menengah. Terdapat institusi pendidikan pendidikan vokasional menengah: Kolej Muzik Wilayah Kaliningrad. S. V. Rachmaninova, Kolej Pembangunan Bandar Negeri Kaliningrad, Kolej Perikanan Marin Kaliningrad dan lain-lain; kepada IKBFU I. Kant termasuk Kolej Teknikal Kaliningrad, Kolej Pembinaan Komunal. Selain itu, terdapat satu kor kadet – KSH "Andrew the First-Called Kadet Naval Corps" (APKMK).

Pada Ogos 2019, pembinaan bermula di cawangan Sekolah Tentera Laut Nakhimov. Pembukaan dijadualkan pada 1 September 2020, jumlah pelajar akan melebihi 560 orang.[80]